Trung tâm Nano và Năng lượng trực thuộc ĐHQGHN được thành lập theo Quyết định số 3636/QĐ-TCCB ngày 07/12/2011 của Giám đốc ĐHQGHN. Điều lệ Tổ chức và hoạt động của Trung tâm Nano và Năng lượng trực thuộc ĐHQGHN được Giám đốc ĐHQGHN ban hành kèm theo Quyết định số 1368/QĐ-TCCB ngày 25/4/2012. Ngày 31/10/2012 Bộ Khoa học và Công nghệ cấp giấy chứng nhận Đăng ký hoạt động khoa học và công nghệ số A-1060 cho Trung tâm.

Ngày 24/9/2013 Hiệu trưởng Trường ĐHKHTN ra Quyết định số 4155/QĐ-TCCB về việc thành lập Trung tâm Nano và Năng lượng trực thuộc Trường ĐHKHTN. Điều lệ Tổ chức và hoạt động của Trung tâm Nano và Năng lượng trực thuộc Trường ĐHKHTN được Hiệu trưởng Trường ĐHKHTN ban hành kèm theo Quyết định số 4389/QĐ-TCCB ngày 09/10/2013.

Ngày 22/10/2013 Giám đốc ĐHQGHN ra Quyết định số 3800/QĐ-ĐHQGHN về việc điều chuyển nguyên trạng chức năng, nhiệm vụ, hoạt động khoa học công nghệ, tài chính, tài sản, trang thiết bị và các nguồn lực khác của Trung tâm Nano và Năng lượng trực thuộc ĐHQGHN sang Trường ĐHKHTN.

Ngày 01/11/2013 Bộ Khoa học và Công nghệ cấp giấy chứng nhận Đăng ký hoạt động khoa học và công nghệ số A-1060 cho Trung tâm Nano và Năng lượng trực thuộc Trường ĐHKHTN.