Trung tâm Nano và Năng lượng được trang bị cơ sở vật chất hơn 150 m2 phòng sạch, loại tương thích bán dẫn, với các cấp độ sạch 100.000, 10.000 và 1.000. Phòng sạch được trang bị các hệ thống phụ trợ trung tâm bao gồm:

• Hệ nước khử Ion tuần hoàn phục vụ cho các tủ hóa ướt, tủ hút và máy cắt phiến
• Hệ hút khí thông thường
• Hệ hút khí cho các tủ hóa ướt
• Hệ chân không
• Hệ khí nén
• Hệ nước làm mát máy tuần hoàn
• Hệ N2

Phòng sạch được chia làm 3 module chính: (i) module chế tạo linh kiện, (ii) module đánh giá đặc trưng linh kiện và (iii) phòng vàng.

Với module chế tạo linh kiện, Trung tâm trang bị các hệ thống thiết bị sau:

• Hệ phún xạ cathode 4 súng (2RF, 2DC)
• Hệ bốc bay 3 nguồn
• Hệ làm sạch bằng plasma oxi và argon

Với module đánh giá đặc trưng linh kiện, Trung tâm trang bị các hệ thống đo đạc và thiết bị sau:

• Hệ phổ phân cực elip, cho phép phân tích đánh giá đặc trưng màng mỏng đa năng
• Hệ đo điện trở 4 điểm
• Hệ đầu do đo thông số điện đa năng

Ngoài ra Trung tâm còn trang bị các máy móc cho phép triển khai các công tác bảo trì  bảo dưỡng đường ống và phòng sạch như:

• Hệ phát hiện dò đường ống khí bằng khí He
• Máy đo đa năng cầm tay cho phép đo nhiệt độ, độ ẩm, tốc độ gió, lưu lượng gió
• May đếm hạt bụi cầm tay